Đảo Hòn Cau có nhiều lợi thế về đa dạng sinh học, với các vùng rặng san hô, đá ngầm, thảm cỏ biển, và nền đáy cát là những sinh cảnh quan trọng. 

Nơi này đã được quy hoạch thành hệ thống khu bảo tồn biển Việt Nam đến năm 2020.

Rặng san hô và thảm cỏ biển của Hòn Cau được coi là hệ sinh thái năng suất nhất.

Nơi đây còn nổi tiếng có nguồn lợi hải sản phong phú, và là bãi đẻ của nhiều loại hải sản giá trị.

Quần thể san hô nguyên thủy dài hơn 2 km với gần 234 loại san hô

Bạn chỉ cần lặn xuống vài mét là có thể dễ dàng chiêm ngưỡng rặng san hô đa dạng và rất nhiều màu sắc nơi đây.

Thế giới san hô hiện ra lung linh, đẹp rực rỡ trong ánh sáng khúc xạ qua làn nước trong xanh.

Một rặng san hô vàng rực trong quần thể khu bảo tồn.

Vùng biển xung quanh đảo Hòn Cau có 34 loài thủy sinh quý hiếm ở nhiều mức độ.

Nhím biển và nhiều loài cá trong khu bảo tồn san hô.

Nhiều loài động vật quý hiếm như đồi mồi, rùa biển, cùng nhiều loài cá... cũng chọn nơi đây làm nơi giao phối và đẻ trứng.

Chính điều đó đã bổ sung nguồn lợi thủy sản đáng kể cho các vùng biển xung quanh đảo Hòn Cau.